お問い合わせありがとうございます。

今回の取引において問題点は2点あります。
・引渡後に鍵を1本紛失したことを伝えられたこと
・引渡の本数と重要事項記載の本数の相違
（この点についてはかなりずさんではありますが、
重要事項説明書記載の本数より引渡し本数が多いことから不安はないかと思います）

通常、鍵を紛失しているのであれば契約時に契約書または重要事項説明書にて、
紛失した事を追記したうえで締結するのが一般的です。
その記載の中で、売主様が鍵交換をするのか、その点を承知で買主様が購入するのかを追記します。

売主および仲介業者が対応に応じないのであれば、重要事項説明書に仲介業者が所属している
不動産協会の事務所名が記載されております。
その協会に連絡されてみてはいかがでしょうか？
弊社ですと下記の協会に加入しております。
https://www.tokyo-takken.or.jp/hatomark/business/consultation_office/index.html

ご相談されることをお勧めします。
ご相談後、協会から仲介会社に連絡が行きますので、対応していただける可能性があります。

なお、通常新築時の鍵の1本は建物管理会社に預けることになります。
合わせてご確認いただければと思います。